铝合金外壳CNC加工后，为了避免碰伤和刮伤等问题，可以采取以下措施：

将外壳放置在防护盒或泡沫垫上：在运输、储存等过程中，应将铝合金外壳放置在防护盒内或者使用泡沫垫等软性材料包装，以保护其表面不受损坏。

加工前进行设计预防：在CNC加工之前，应对产品的结构特点进行分析和评估，根据需要增加支撑杆、防护层等防碰伤的结构，减少因加工过程中的误操作而引起的碰伤风险。
提高员工安全意识：对参与铝合金外壳CNC加工的员工进行安全教育和培训，提高他们对于操作流程和注意事项的认识和理解，并强调加工过程中应严格按照规定操作。
定期检查设备：定期检查CNC加工设备，并及时更换和维修损坏的部件，以确保设备运行稳定和安全。
采用专业运输：选择专业的运输公司进行铝合金外壳的运输，采用合适的运输方式和包装材料，最大限度地避免碰撞和摩擦。
综上所述，在铝合金外壳CNC加工后，应将其放置于防护盒内或使用泡沫垫等软性材料包装，增加支撑杆、提高员工安全意识，定期检查设备以及选择专业的运输公司进行运输等措施，可以有效地避免碰伤和刮伤等问题。